药物流产适用于停经49天以内，尿妊娠试验为阳性的孕妇，孕期愈短，效果愈好。但禁用于伴有哮喘、痉挛性支气管炎、心绞痛、心律失常、心力衰竭、高血压、青光眼与肝肾功能不全、异位妊娠、溃疡性结肠炎、肾上腺皮质功能不全、长期使用糖皮质类固醇激素以及胰岛素依赖型糖尿病等孕妇。

一般应用米非司酮与米索前列醇后，约2~3天，子宫腔内的胚囊即可排出，此时阴道出血较多，可有头晕、恶心、呕吐、乏力、腹痛等反应，而子宫中的蜕膜组织往往在2周左右才能慢慢排出，随后出血停止，这称为完全流产，故规定孕妇在药物流产后15天去医院复查。必要时作B超检查与尿妊娠试验，以确定流产效果。如果在服药后1周内未流产，或10天左右阴道流血明显增多，以及超过3周至1个月仍流血淋漓不尽者，则应及时去医院复查，对流产失败或流产不全者，需分别作人工流产或刮宫手术。

然而，有些孕妇对该药的利弊不甚了解，以致险象环生。如一位孕妇竟在家中自行服药物流产，开始未见胚囊排出，但在第4天突然腹痛、面色苍白、呈休克状态，经医生诊断为宫外孕，幸亏抢救及时才化险为夷;另一位孕妇虽在医院作药物流产，但急于出院，结果在返家途中大出血，只得赶回医院进行紧急手术刮宫，方转危为安;还有一位孕妇在药物流产后，阴道持续出血达40余天，企图借助于月经冲下残留组织，而未及时刮宫，也导致大出血，虽经奋力抢救脱险，但已发生贫血与盆腔感染等症。