药流的副作用最小的也容易引起月经失调，表现为月经周期缩短或延长，月经量增多。而对于未生育的妇女来说，如果反复使用，不仅容易引起感染或大出血，还有可能导致不孕，造成终身遗憾。其实，不管手术刮宫还是药流，除了对肉体上的损伤外，其引起的激素变化对人体的伤害也是难以察觉的。肉体上的损伤很快就可以修复，但内分泌变化对人体的打击却不是一天两天就能恢复过来的。

瓜熟蒂落的分娩，是按一定规律进行的，机体对此有充足的适应与准备时间，而人为的中断怀孕，机体由于内分泌功能突然急骤下降，没有一个缓慢的适应过程，这对人体隐性的打击才是最大的。

而且，由于药物流产会留下一定的并发症，因此，目前医学上规定，药物流产只能在具有一定设备的医疗保健机构中使用，以便在出血多或出血时间较长的情况下进行手术刮宫，以及抗感染，输液和输血治疗。