药物流产与负压吸宫流产一样，都是人为干预妊娠的生理过程，在一定程度上会损害妇女的健康。而且由于孕妇的个体差异或用药不规范，加之药物本身的局限，若使用不当，不仅伤害身体，还达不到流产的目的。

实际上，药物流产作为一种人工流产，目前的成功率只有90%左右。换句话说，约有10%的妇女在使用药物流产后，因流产失败或出血过多、时间过长而仍旧需要接受刮宫术。药物流产的过程，也非某些宣传中的那么简单，从服药到流产，一般需要3～4天。期间会有一定的不良反应，恶心、腹痛，少数妇女还会有痉挛性腹痛，对健康也会有一定影响。