一般急慢性尿道炎积极规范的治疗都可治愈，但不规范不合理的治疗成为尿道炎复发的关键因素，也是传统治疗的难点：

(1)致病菌耐药。由于发病初期治疗不规范，盲目用药、破坏内环境，并造成细菌耐药，疗效不佳，时好时坏，导致持续的尿道炎发生。

(2)潜伏隐匿感染。部分微生物引起的尿道炎经抗生素治疗后，因药效和疗法的缺陷细菌将进入潜伏感染状态，在饮酒、劳累、精神紧张等因素可能诱使潜伏致病菌繁殖，从而出现症状，即尿道炎复发。

(3)隐深部位的感染。由于致病菌隐藏于组织深层，以及潜藏于尿道隐窝，尿道旁腺等部位，使得药物很难对其全面杀死，给康复留下了后患。同时急性尿道炎有可能伴发前列腺炎，当尿道炎治疗后，仍可因来自前列腺的感染而复发。

(4)并发症的影响。如若病情反复，长期炎性损害，造成尿路黏膜、肾盂肾盏受损、纤维化、变形，尿路梗阻、畸形影响了正常的尿液引流和治疗，都给尿道炎的治疗带来影响，使得传统的药物治疗疗效不佳，治疗更加困难。

(5)免疫力低下。同时有些患者免疫力低下，如合并有糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其他慢性疾病，对尿道炎的治疗也造成很多困难。

(6)神经过敏因素。某些尿道刺激症状源于精神因素，是神经官能症的一种特殊表现;一些具有过敏体质的病人，抗过敏治疗获得一定疗效，说明一部分病人与变态反应有关。