男性急性淋菌性尿道炎98-99%是因性交时受对方传染引起的。性交后，对方分泌物中的淋病双球菌沾染在男龟头尿道外口处生存，并逐步向尿道内口粘膜蔓延。当蔓延至尿道粘膜时，淋病双球菌便可大量繁殖，于1-24天内，平均3 天左右便发生炎症反应。有大量多核细胞进入，吞噬形成脓球，产生以排尿困难和尿道有脓性分泌物为主的系列症状。     

急性淋菌性尿道炎初期，淋病双球菌沾染在尿道外口和舟状窝处，表现为尿道口红肿、发痒及轻微刺痛，继而有稀薄粘液流出，严重者有轻度肿胀，引起排尿困难。24小时以后症状加剧，红肿发展到整个阴茎头及部分尿道，尿道粘液性分泌物渐多，冲出尿道口外溢。感染数日后，淋病双球菌侵及整个前尿道，大量多核细胞进行吞噬和形成大量脓球，脓液流向尿道口而溢脓。因大量淋病双球菌感染和脓液不断刺激尿道口而形成尿道口外翻。在检查时，用手从阴茎根部向尿道口挤压，或从会阴部后尿道处向尿道口方向顺序挤压，可将尿道口脓液或粘液挤至尿道口排出。两侧淋巴结可轻度肿大、压痛。尿道疼痛表现为微痛或重痛，小便排尿疼痛加剧，尤以刚开始排尿时更痛(菌尿痛)。因排尿时疼痛，不敢排尿，而有排尿中断现象。由于尿道炎症刺激，常有行为不便，阴茎也常因疼痛而勃起，特别是在晚上更为加重。阴茎微弯微痛，与性欲勃起不同。同时伴有腹股沟淋巴结炎、腹股沟处疼痛、腹股沟淋巴结肿大、压痛。可发生急性前列腺炎、急性精囊炎、急性附睾炎、急性精索炎等并发症。可有腰酸、腰痛、会阴及附睾剧烈疼痛、射精疼，甚至血精等症状，病情严重者可伴有全身寒战、发热。急性尿道炎经1-3周后，症状逐渐减轻和静止、化脓、排脓减少，粘稠的黄白色脓汁渐渐变成少量稀薄性分泌物。常于早晨在尿道口处有少许粘液性分泌物，6周后尿道分泌物可完全消失，而进入静止期或慢性期。此时常被病人忽视或自认为已自愈。在静止期间常因过度性交、酗酒、劳累等原因，又可转为急性发作期。二者交替发生。由于炎症的反复发作，尿道粘膜及粘膜下层组织受到破坏，导致疤痕形成而引起尿道狭窄。