治疗非淋菌性尿道炎抗感染药有3类，通常以四环素类为首选。
(1)四环素类：属广谱抗生素，有抑菌作用，对衣原体及支原体有拮抗活性，用于泌尿系统感染，也用于治疗支原体肺炎。此类抗生素有3种：四环素1次500mg，1日4次，连续10～14日。多西环素(强力霉素)1次100mg，1日2次，连续7～10日。米诺环素(美满霉素)1次100mg，1日2次，连续10～14日。
(2)大环内酯类：对支原体及衣原体皆有抑制作用。琥乙红霉素(利君沙)1次250mg，1日4次，连续10～14日。交沙霉素1次200mg，1日4次，连续10日。阿奇霉素(希舒美、泰力特)单剂量1g顿服或1日0.5g，连续3日。
(3)喹诺酮类：除对淋球菌有效外，尚用于衣原体及支原体感染。氧氟沙星(奥复星、泰利必妥)1次200mg，1日2次，连续14日。环丙沙星(特美力、悉复欢)1次250mg，1日2次，连续14日。左氧氟沙星(可乐必妥、利复星)1次100～200mg，1日2～3次，连续3～5日。
但上述3类并非特效药，有时需结合临床上是否合并其他性病而考虑选择。有些药如庆大霉素、多黏菌素、青霉素、头孢菌素、链霉素、大观霉素对衣原体无效。磺胺、利福平对衣原体有效，对支原体无效。
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