生殖器疱疹感染的潜伏期为1周至2个月。

HSV-1感染与HSV-2感染： 原发性生殖器疱疹感染者为HSV-1型，经过一定的静止时期，继而复发病变为HSV-2型，形成周期性复发。每次发作的病程也较短，不用药通常7天左右也可消退，继而再犯，发热、月经、精神创伤、酗酒、食物及药物都有可能导致加快复发的时间。 HSV-1主要引起口唇疱疹，咽炎，角膜结膜炎和散发性脑炎，而HSV-2感染主要引起生殖器疱疹，但在临床上也有相反情况。

HSV-1感染主要发生于口角、唇缘、鼻孔等皮肤粘膜交界处，亦可见颜面或口唇，开始局部先有灼痒及轻度紧张感，偶有伴发神经痛。随即出现红斑，在红斑基础上发生簇集性小丘疹，迅速变为粟粒至绿豆大小的水疱，内容澄清，水疱破裂后出现糜烂面，数日后干燥结痂。自觉灼痒，偶有倦怠，不适和轻微发热等全身症状，愈合可遗留暂时性色素沉着。全病程1-2周左右。

HSV-2感染主要发生于生殖器部位，患部先有烧灼感，很快在红斑的基础上发生成群的小水疱，多见男性包皮、龟头、冠状沟、阴茎等处，偶见于尿道;女性常见于阴唇、阴蒂、阴道、宫颈等处。水疱可逐渐变成脓疱，约6天左右破溃而形成糜烂或浅的溃疡，自觉疼痛。病人可发生尿道炎，出现排尿困难。多数人有腹股沟淋巴结肿大疼痛，有的病人可出现发热、肌肉痛及脑膜炎症状。如发于女性宫颈者可形成溃疡坏死，阴道分泌物增多，可有下腹痛。应注意有无宫颈癌发生。孕期患生殖器疱疹时易致流产、早产或死胎，并易使新生儿感染，发生新生儿单纯疱疹。本病一般经过3周左右可以痊愈，但常有反复发作，一般原发疹后1-4个月内复发，症状较原发者轻，范围亦小，局限于生殖器部位，有时仅有1-2个疱疹，病程亦短，自发病至愈合8-12天。本病也可伴有生殖器以外部位的感染，如口唇、臂部及中枢神经系统等。