生殖器疱疹的诊断一般的根据外阴部成群水疱、局部灼热感、有复发史、病程较短等典型特点，诊断不难。对某些不典型损害可进行实验室诊断，常用的实验室诊断方法有下面几种检查方法。

①细胞学诊断：取病损基底处细胞作涂片用瑞特姬姆萨或帕氏(Papanicolaou)染色，寻找大的多核巨细胞和多核巨细胞核内嗜酸包涵体有助于诊断。②疱疹病毒的细胞学检查：取细胞作涂片，加荧光标记的HSV-1及HSV-2型单克隆抗体，荧光显微镜下查到多核巨细胞内发苹果绿色荧光的病毒包涵体可作出诊断。③疱疹病毒组织培养：用人胚成纤维细胞、人羊膜细胞、肾细胞等作病毒分离培养，用免疫荧光法进行鉴定，可以确认，但操作复杂，费用昂贵。④电镜检查：有确诊价值但不易普及。⑤疱疹病毒的血清学诊断：检测HSV特异性抗体，在诊断上实用价值不大。