生殖器疱疹的组织病理是表皮内水包，系细胞的气球变性及网状变性所致;疱内可见棘辰松解细胞及余核上皮巨细胞。真皮乳头水肿可血管外红细胞。真皮内程度不等炎症细胞浸润。有嗜中性白细胞、淋巴细胞等。

原发性潜伏期为2～10天，即在2～10天前有不洁性交。由于在性交中，局部粘膜有很小的损伤，病毒进入局部粘膜，引起感染。患病部位先有烧灼感，很快在红斑基础上发展，原发损害为1个或多个小而瘙痒的红丘疹，伴有瘙痒，迅速变成小水疱，3～5天后可形成脓疱，破溃后形成糜烂、溃疡、结痂，伴有疼痛，最后结痂愈合。皮损单发或融合。由于人体对它还没有任何免疫力，初次发生疱疹一般较大，疼痛也明显。整个病程可持续20天左右。

在男性好发于龟头、冠状沟、阴茎体、尿道口、阴囊、大腿和臂部等处。女性多在阴唇、阴阜、阴蒂、肛周及阴道发生，约90%同时侵犯子宫颈，出现阴道分泌物增多或下腹痛，并可并发宫颈炎和子宫炎。也可累及直肠粘膜。常伴有淋巴结肿大压痛。大多数男女病人双侧腹股沟淋巴结肿大。后期炎症波及尿道、膀胱时，可出现排尿困难、尿痛、尿频、严重者可发生尿潴留等现象。此外，还可能有其它症状同时出现，如发热、全身不适、头痛、颈项强直、脑膜炎和骶部神经系统功能不全。此病女性多于男性，症状也较男性严重。在发病人中约10%有咽炎，10%男性与26%女性的原发性病人同时伴有生殖器以外的病损，主要在臂部与手指，常见生殖器出现疱疹后的第2周，大多是受感染的生殖器部位的病毒自身接种而致。在患有的病人中，男性同性恋者可出现直肠Ⅱ型疱疹病毒肛门直肠感染，其发病仅次于淋球菌引起的男性肛门直肠炎。临床表现为肛门直肠疼痛严重、便秘、排脓和里急后重，肛门可有疱和溃疡。