感染生殖器疱疹表现患部先有烧灼感，很快在红斑的基础上发生成群的小水疱，多见男性包皮、龟头、冠状沟、阴茎等处，偶见于尿道;女性常见于阴唇、阴蒂、阴道、宫颈等处。水疱可逐渐变成脓疱，约6天左右破溃而形成糜烂或浅的溃疡，自觉疼痛。病人可发生尿道炎，出现排尿困难。

多数人有腹股沟淋巴结肿大疼痛，有的病人可出现发热、肌肉痛及脑膜炎症状。如发于女性宫颈者可形成溃疡坏死，阴道分泌物增多，可有下腹痛。应注意有无宫颈癌发生。孕期患生殖器疱疹时易致流产、早产或死胎，并易使新生儿感染，发生新生儿单纯疱疹。本病一般经过3周左右可以痊愈，但常有反复发作，一般原发疹后1-4个月内复发，症状较原发者轻，范围亦小，局限于生殖器部位，有时仅有1-2个疱疹，病程亦短，自发病至愈合8-12天。本病也可伴有生殖器以外部位的感染，如口唇、臂部及中枢神经系统等。

感染生殖器疱疹体征为皮损为红斑基础上可见成群的水疱或脓疱或成糜烂及溃疡。女性患者约90%伴有HSV宫颈炎，宫颈可见发红、糜烂、溃疡，有脓性阴道分泌物。有的患者可有腹股沟淋巴结肿大压痛或体温升高。皮肤病变也可出现在口唇 、手指、臀部、大腿、手臂，甚至眼部与咽喉。并发脑膜炎或横贯性脊髓炎，一般于发疹后3-12天出现颈项强直等颅内压增高的现象。