生殖器疱疹除了疱疹Ⅱ型病毒外，还有一种疱疹Ⅰ型病毒，不通过生殖器感染，也不发生在生殖器区域，而多位于腰部以上皮肤、粘膜交界处，主要经带菌者唾液传播，可引起口唇疱疹，疱疹性结膜炎、角膜炎等。感染后一般只有10%的人出现临床症状。不过，近年来已发现中间型病毒。

生殖器疱疹潜伏期4-7天。发疹前后有发热、头痛、全身不适，在骶2-4节段神经出现感觉异常。病毒经皮肤、粘膜破损处进入人体内，在伤口附近生长繁殖，然后经过血液循环或神经通路传播和扩散。原发感染消退后，病毒潜居体内，伺机作乱。当遇上机体出现毛病、抵抗力下降时，它们就又要逞能了，如受凉、发热、情绪激动、月经或机械刺激时，能使潜伏、处于休眠状态的病毒激活而再度发病。女性发病发生于大小阴唇、阴蒂或宫颈处，呈现集簇性分布，先为红色丘疹，可变成小水疮，疱疹半透明，内含黄色液体，抓后极易破溃糜烂，可灼热疼痛，也可能出现继发感染，腹股沟淋巴结肿大，有压痛，但多不化脓。本病呈自限性，也就是说可以不治自愈，1-2周自然消退。当机体再次抵抗力下降，就又发作，如此反复不止，很难根治可诊断为复发性生殖器疮疹。男性生殖器疱疹多发生在阴茎龟头、冠状沟、阴囊、包皮等处，偶尔也波及尿道，引起尿道炎，其余病程与女性一致。同性恋者尚可在肛门和直肠发病。