生殖器疱疹是误诊率较高的疾病。下面介绍几个需要鉴别诊断的疾病，以免和其他的疾病想混淆。
1、龟头包皮炎
初起潮红、糜烂，但很少出现水疱。可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。
2、淋病
也可发生龟头包皮炎，但主要表现为急性化脓性尿道炎。
3、固定红斑性药疹
常常由于口服磺胺类药物或止痛类药物引起。发生于阴部，有红肿，常破溃，糜烂，也有复发。
4、硬下疳
为硬性溃疡，边缘整齐。
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