前列腺痛的病因主要集中在前列腺以外的原因上，主要为盆底肌肉习惯性挛缩和痉挛所致。不明原因的尿道短期痉挛导致尿液反流至前列腺腺管内和习惯性收缩与痉挛而产生的骨盆紧张性肌痛可能是前列腺痛两个原因，并常常伴有不同程度的情绪波动及性心理异常。

亦有研究认为，此病涉及到盆腔交感神经系统原发异常，造成不完全的膀胱颈松弛和外括约肌部尿道功能性狭窄。