抗菌药物的不规范使用或滥用已经成为导致前列腺感染、诱发前列腺炎和前列腺炎反复发作的最常见的因素之一。一些患者可能因为全身各器官系统的炎症性疾病，例如淋病、非淋菌性尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎、胆囊炎、上呼吸道感染等炎症，常常在接受多种抗生素经验性治疗过程中出现急性前列腺炎或慢性前列腺炎的症状。这可能是由于抗菌药物的不规范使用或滥用而大量杀灭了体内的正常菌群，造成了泌尿生殖系统菌群构成的复杂化，使一些条件致病菌或耐药菌株增加，并促使外袭菌定居、生长及繁殖，严重者可引起二重感染、耐药性转移以及多重耐药性菌株形成，并成为前列腺炎病原学诊断和治疗困难的重要原因。

细菌L型感染可见于不规范使用β-内酰胺类抗生素以及其他某些抗菌药物治疗的情况下。细菌L型的形成是产生前列腺“无菌性”隐性感染和慢性前列腺炎难以治愈的重要原因之一。随着抗生素的广泛应用，尤其是性病患者滥用抗生素的现象更为普遍，细菌变异为L型的机会有逐渐增多的趋势。所以，一方面不要滥用抗生素；另外一方面，抗感染治疗选择青霉素类抗生素时，剂量应该充分足量，以期彻破坏细菌细胞壁及菌体，防止致病菌变为L型。