中医认为，其病性早期属热证、实证，为湿热、毒火阻滞肝脉;后期则伴有肝肾不足。治疗主要是根据症状、体征，结合舌脉，一般将本病分为三型，即湿热下注、毒热蕴结、肾气不足，分别给予不同的治疗方法。

属于湿热下注证的生殖器疱疹，常见生殖器部位水疱成簇，周边有红晕，或有糜烂，有轻痒，可见小便黄赤，口苦，口渴，舌红苔黄腻，脉弦滑。这是由于素日喜肥甘厚味，辛辣之品，或嗜烟酒，损伤脾胃，脾失健运，水湿内蕴，郁而化热，湿热之邪下注肝经所致。湿热蕴积于下焦，注于阴部，发为生殖器疱疹。治疗法则宜清热除湿，方药常以龙胆泻肝汤加减：龙胆草10g　山栀10g　黄芩10g　柴胡10g　车前子(包)10g　生地10g　当归10g　木通10g 生甘草10g。方中龙胆草清泻肝经湿热;山栀、黄芩、柴胡配合龙胆草清肝利胆;车前子、木通清热利湿;生地、当归凉血活血;生甘草调和诸药。水疱大、糜烂渗液者，加生苡仁30g，茵陈10g;大便秘结者，加生大黄6g(后下)。现有中成药龙胆泻肝丸,每次6～8克,每日3次,温开水送服。

属于毒热蕴结证的生殖器疱疹，见阴部疱疹大而红，局部肿胀，疼痛明显，腹股沟淋巴结肿大，或有低热，排尿困难，舌红绛，脉滑数。这是由于不洁性交，外染淫毒，毒热结聚阴部，蕴结于局部皮肤粘膜所致。治疗法则宜清热解毒，常以方药为清毒神圣汤加减：金银花30g　天花粉30g　蒲公英30g　当归15g　生甘草10g　板蓝根30g。方中金银花清热解毒为主药;天花粉排毒驱腐;蒲公英、板蓝根配合主药加强治疗作用;当归、生甘草养血活血，调和诸药。如小便黄赤，排尿疼痛困难者，加马鞭草15g，天葵子10g，淡竹叶10g;淋巴结肿大疼痛者，加地丁30g，夏枯草10g。

属于肾气不足证的生殖器疱疹，常见于复发性阴部疱疹，疱疹干涸较小，无自觉症状，但经常复发。这是由于肾气不足，淫毒之邪未尽所致。肾开窍于前后二阴，或由于房劳过度，或由于湿热、淫毒久稽，耗伤肾阴;日久阴损及阳，也可造成肾阳不足。肾阴肾阳是人体最宝贵的物质，统帅着人体全身的阴阳，当肾阴肾阳受损后，人体阴阳就会失调，疾病就容易复发。由于肾气不足故多伴有腰膝酸软，浑身乏力。阴虚者，则多有五心烦热，失眠多梦，遗精早泄，舌红少苔，脉象细数。肾阳不足者，则多有手足不温，少腹拘急，舌淡苔薄，脉象沉细。治疗法则以补肾为主，佐以解毒除湿。常用方药为六味地黄丸加减：生熟地各10g　山药15g　山萸肉10g　枸杞子10g　茯苓15g　泽泻10g　丹皮10g　板蓝根10g 。

方中生熟地滋补肾阴;山药、山萸肉、枸杞子滋补肝脾肾三阴;茯苓、泽泻、丹皮乃补中有泻;板蓝根清泻余毒。如阴虚火旺者，加女贞子10g，知母10g;肾阳不足者，加制附片10g ，肉桂10g，仙灵脾10g。