生殖器疱疹目前尚无理想的治疗方法。一般不经治疗2~4周也可自愈。但因临床症状典型，患者多痛苦异常，为减轻疼痛，缩短病程，减少复发，可选用以下几种方法治疗。

(1)支持疗法：由于生殖器疱疹的反复发作和剧烈疼痛、瘙痒、溃破、糜烂，医生应给患者精神安慰，并适当给于镇静、止疼药物如口服安定、鲁米那、去疼片，或外用2%利多卡因;保持患处清洁、干燥;如有继发感染，可外涂抗生素软膏。全身症状严重者，可对症处理，并口服维生素B1、维生素B2、维生素B6、维生素B12及维生素C。

(2)免疫疗法：目前尚无理想的特异性疫苗，但可使用干扰素、胸腺素，提高患者免疫机能。

(3)抗病毒治疗：

阿昔洛韦能抑制病毒的DNA合成，用药后能减轻全身症状和疼痛，使病程缩短，排毒期减少，但不能防止复发。

用抑制疗法防止或延缓疱疹的复发。如果患者复发频繁而严重，或者对复发感到特别烦恼，患者可向医生要求每天口服抗病毒药物来防止发生疱疹的复发。抑制疗法需要持续性给药(如每天都服药)，治疗数月甚至数年。