感染生殖器疱疹E型病毒后潜伏期为3至7天可有发热，月经来潮等常诱致复发。

男性感染生殖器疱疹多发于龟头、冠状沟和阴茎体，女性多发于外阴，肛周、大腿和宫颈。原发疹初为红色小丘疹，痒、迅速变为水疱、糜烂，痛及发热，全身不适等症状。原发感染后经过一定静止期后常复发，复发疱疹较原发为轻，病程较短，通常l至2周可消退。肛交或男性同性恋者常有肛门直肠疱疹，局部疼痛。