疱疹病毒感染主要发生于生殖器部位，患部先有烧灼感，很快在红斑的基础上发生成群的小水疱，男性感染生殖器疱疹多见男性包皮、龟头、冠状沟、阴茎等处，偶见于尿道;女性常见于阴唇、阴蒂、阴道、宫颈等处。

水疱可逐渐变成脓疱，约6天左右破溃而形成糜烂或浅的溃疡，自觉疼痛。病人可发生尿道炎，出现排尿困难。多数人有腹股沟淋巴结肿大疼痛，有的病人可出现发热、肌肉痛及脑膜炎症状。如发于女性宫颈者可形成溃疡坏死，阴道分泌物增多，可有下腹痛。应注意有无宫颈癌发生。孕期患生殖器疱疹时易致流产、早产或死胎，并易使新生儿感染，发生新生儿单纯疱疹。本病一般经过3周左右可以痊愈，但常有反复发作，一般原发疹后1-4个月内复发，症状较原发者轻，范围亦小，局限于生殖器部位，有时仅有1-2个疱疹，病程亦短，自发病至愈合8-12天。本病也可伴有生殖器以外部位的感染，如口唇、臂部及中枢神经系统等。