原发性性生殖器疱疹从感染到发病一般为3-5天，患处先有烧灼感，然后出现红斑，继之在红斑的基础上发生多群红色丘疹，并感到热痒，不久即可变成小水庖，数日后水疱变为脓性，破后可形成糜烂，最后可结痂痊愈。整个病程15-20天。男性，多生于龟头、冠状沟、包皮、阴茎体、尿道口和阴囊。男性同性恋者由于肛交，疱疹可发生于肛门及肛周，严重者可感染直肠。女性好发于大小阴唇、阴阜、阴蒂、阴道等处。男性同时可并发尿道炎、膀胱炎和前列腺炎;女性可并发宫颈炎和子宫炎。大多数患者还可并发双侧腹股沟淋巴结肿大。

复发性生殖器疱疹大约有60%的原发患者，会在一年内再次复发，第1年至少复发数次，第2年则逐渐减少。复发后一般症状比较轻，也没有淋巴结肿大，病程也短。引起复发的诱因，多为感冒发烧、上火、月经来潮、性交过频、疲劳过度、消化不良和气候干燥等。复发时，患处可感到有热刺和痒感。