原发性生殖器疱疹感染潜伏期约为2-10天，男性患者发病部位为包皮、龟头、冠状沟、阴茎。偶可见于尿道、前列腺和精囊，同性恋患者可发生于肛门、直肠;女性患者则为外阴、大小阴唇、阴蒂、阴道、宫颈，也可发生于肛门、直肠及尿道。患者有时会并发尿道炎，大多数患者有双侧腹股沟淋巴结肿大。患部先有烧灼感，出现红斑，很快在红斑的表面发生3～10个成簇分布的小水疱，数日后成为小脓疱，破溃后形成糜烂面和浅溃疡，局部红肿，有烧灼样疼痛。女性病人多发生于阴唇、肛门周围、阴道，但约90%的病人可同时侵犯子宫颈引起子颈炎或子宫炎。

此外，有些患者还可能有其它症状同时出现，如发热、全身不适、头痛、颈项强直、脑膜炎和骶部神经系统功能不全。此病女性多于男性，症状也较男性严重。在发病人中约10%有咽炎，10%男性与26%女性的原发性生殖器疱疹病人同时伴有生殖器以外的病损，主要在臂部与手指，常见生殖器出现疱疹后的第2周，大多是受感染的生殖器部位的病毒自身接种而致。