在男性，尖锐湿疣常见于冠状沟、包皮、龟头、系带及尿道口，有时见于阴茎体及周围皮肤，但很少见于阴囊。肛周的损害可发生在男性同性恋者。在女性，主要见于阴道，特别多见于阴蒂、阴唇、阴道、肛周及宫颈，有时也可发生妊娠妇女中。目前对治疗尖锐湿疣的方法进行了研究，结果发现以下方法对治疗尖锐湿疣有一定的效果。

微波治疗：这是进入90年代后兴起的治疗方法。它的原理是利用微波的高频震动，使疣体内部水分蒸发，坏死脱落。微波治疗的特点是，疣体破坏彻底，不易复发，但创面恢复较慢，容易继发感染。所以微波治疗特别适用于治疗疣体较大的，孤立、散在的，同时要远离包皮系带的尖锐湿疣，以防损伤包皮系带，影响男性的性功能。

冷冻治疗：液氮或二氧化碳干冰冷冻，使疣组织(即皮肤损害局部)坏死。尖锐湿疣是由于尖锐湿疣病毒的感染，导致皮肤粘膜的良性增生。它有大量的小血管，增殖迅速。用冷冻的方法可使尖锐湿疣内结冰，形成组织局部的高度水肿，从而破坏疣体。冷冻治疗的最大好处是局部不留痕迹，治愈率约70%左右。治疗过程中除局部红肿，疼痛及水疱反应外，一般无明显后遗症。可用喷雾法或直接接触法，适用于平坦较小的疣体。一般每周冷冻1次，连续2～3次。一般月经后治疗。

激光治疗：对外阴、肛门周围等表浅的湿疣合适;它的特点是见效快，在治疗的当时，疣体即可脱落。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次即可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于疣体较小的尖锐湿疣，如疣体较大，激光治疗很容易复发。治愈率可达80%。

电灼治疗：电烧灼是较老的一种治疗方法。过去皮肤科医师常用高频电刀或电烙铁烧灼寻常疣、色素痣及其他皮肤赘生物。它的特点是操作简单，见效快。高频电刀能直接切除和干燥疣体，治疗也较彻底，但是，电烧灼疮面愈合较缓慢。综上所述，电烧灼治疗，可用于任何尖锐湿疣的治疗，但是对施术者的技术要求较高，烧灼太过或不足都是有害的。同时要注意无菌操作，预防感染。高频电刀或电针，对宫颈或阴道较小病损治疗较合适。较大的疣则需分批电灼。

手术切除：对带蒂的较大、孤立的疣体可考虑手术切除。尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，尖锐湿疣很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的较大的疣体或疑有恶变者，可考虑手术切除。有的患者尖锐湿疣生长过于迅速，或大如菜花，其他治疗十分困难，可考虑手术治疗。为防止复发，术后配合其他治疗。根据疣块、覆盖面积，选择病灶切除或外阴切除。

手术刮除法：治疗时左手将病变部位的皮肤或粘膜绷紧，或手持消毒刮匙自根部稍用力将病变组织刮除;关彻底清除创面的残余病变组织，然后用33%三氯醋溶液或纯碳酸溶液或3%氯化铁液涂局部。