在男性，尖锐湿疣常见于冠状沟、包皮、龟头、系带及尿道口，有时见于阴茎体及周围皮肤，但很少见于阴囊。

肛周的损害可发生在男性同性恋者。在女性，主要见于阴道，特别多见于阴蒂、阴唇、阴道、肛周及宫颈，有时也可发生妊娠妇女中。孕妇患尖锐湿疣后，人乳头状瘤病毒可通过分娩过程传染给婴儿，使之发生喉头疣及引起喉部乳头状瘤。即使母体感染后无临床症状，病毒也可通过血液或胎盘传播给胎儿，所以患有此病的妇女足月妊娠时，以做剖腹产术为妥。此病偶尔在腋窝、脐窝、趾间和乳房下部也可出现，还可出现在口腔粘膜处。也可以从身体的其它部位自身接种到生殖器部位，但很少见。近年来，大量资料进一步证明人乳头瘤病毒与某些恶性肿瘤发生有一定关系。外阴、阴茎或肛周的尖锐湿疣可以转化为鳞状细胞癌。这种转化通常要5-40年。有学者报告：4.7—10.2%宫颈尖锐湿疣，5%外阴及肛周湿疣，经过一个长潜伏期后，可发生间变或原位癌或侵润性癌。