非淋菌性尿道炎临床表现为男性常有尿道内刺痒、烧灼感、刺痛有时尿急及排尿困难。但症状一般比淋病轻。尿道口充血或红肿有浆液性、粘液脓性或白色稀薄分泌物，或晨起有“糊口”现象女性发生尿道炎可有尿频、尿急或排尿困难;宫颈炎则白带增多，宫颈充血或红肿糜烂;阴道及外阴瘙痒等。无论男性或女性有很多病人无任何症状或症状很轻微，尤以女性为多。

本病可经产道传染，引起新生儿眼结膜炎、肺炎鼻炎、中耳炎和女婴的阴道炎。

男性主要合并症为附睾丸炎，前列腺炎及Reiter综合征等;女性主要为输卵管炎、盆腔炎异位妊娠及不育症等。