包皮过长，特别是包茎有许多害处。一是由于包皮过长或包茎，包皮内尿液沉积的尿垢、污物形成的包皮垢，有可能刺激阴茎头发炎，造成包皮与龟头粘连;包皮出口因炎症而缩窄，有时仅有针眼大小，使排尿受阻，严重者完全闭塞，不能排尿，导致尿路感染;反复的尿路感染可引起肾损害，进而导致肾脏功能下降;少数还会在包皮内形成结石。

二是包茎可使阴茎的发育延迟，限制勃起，影响婚后的性交快感，严重者可诱发性功能障碍。三是包皮垢不仅是一种致炎物质而且也是一种致癌物质。据统计，90%的阴茎癌患者有包皮过长的病史，而自幼行“割礼”(即包皮在婴幼儿期就被切除)的民族，很少患阴茎癌。四是包皮垢还可能引起性伙伴的生殖系统感染，刺激子宫颈引起宫颈炎，甚至诱发宫颈癌。因此，有学者主张及早割除过长的包皮，特别是包茎更应及时做手术治疗。