包茎或包皮过长时，使包皮内皮脂腺的分泌物不能排出，并逐渐形成奇臭的包皮垢。包皮垢适宜细菌生长，故可引起阴茎头及包皮发炎。发生在尿道口的炎症，愈合后可引起尿道口狭小，造成排尿困难。阴茎头受包皮垢长期刺激还可能发生阴茎癌。据报道，约有85%-95%的阴茎癌患者有包茎或包皮过长病史。另外，妻子患宫颈癌，与丈夫的包皮垢刺激也有一定关系。

包茎如未能及时治疗，阴茎头长期被包皮紧锁，致使青春期后造成阴茎发育不良，还会影响性生活。包茎和包皮过长如强行上翻后而不能复位时，可造成包皮嵌顿，严重时会引起龟头坏死。青少年如患有包茎或包皮过长，应及早作包皮环切术。对于不发炎的包皮过长，只要经常将包皮上翻清洗，也可不必手术。