子宫内膜异位症影响生育的原因常有以下几种：

1、机械性因素：卵巢输卵管表面的异位内膜，使其周围的结缔组织增生造成粘连，影响输卵管蠕动，及伞端的拾卵作用，甚至造成输卵管口的闭锁，女性因性交痛而影响正常的性生活，也可能是导致不孕的原因之一。

2、前列腺因素，异位的子宫内膜产生较多的前列腺因素，既不随经血排出，又不能进入血液被灭活，在局部浓度相对较高，这些前列腺素的含量过高或比例失调，使输卵管的拾卵功能及蠕动失调，影响其拾卵及对精子、卵子的输送，使输卵管的拾卵功能及蠕动失调，增多的PG F2还可妨碍卵泡发育，抑制排卵造成黄素化未破裂卵泡综合症及溶解黄体，或使受精卵的发育与子宫内膜的蜕膜变化不同步，妨碍了受精卵的着床。

3、免疫因素：即自身免疫反应，异位的内膜出血诱发的组织纤维化与浆细胞、淋巴细胞、吞噬细胞增多，及淋巴细胞所产生的抗子宫内膜抗体（EMAB）是一种免疫过程，这种自身免疫造成子宫内膜的生化代谢及生理功能损害，干扰早期精卵的着床，或因精子和卵子在会合过程中被吞噬和干扰卵细胞的分裂而导致不孕。