根据病史和体格检查可以初步确定是否存在隐睾和精索静脉曲张。根据有尿频、尿急、尿痛以及尿道烧灼样感以及尿道外口脓性分泌物、尿液检查脓细胞增多，前列腺液检查白细胞大于10／HP以及尿培养等可确定有生殖系统炎症。
免疫学检查可以确定是否存在自身免疫、染色体核型分析可确定是否存在染色体异常。测定血清FSH、LH、T、PRL也是少精子症检查的重要方法，若FSH、LH低于正常，为继发性少精子症，PRL升高为高泌乳素血症引起的少精子症。
另外有些少精子症原因不明，称为特发性少精子症。
