非淋菌性尿道炎应针对病原体治疗，如条件不允许，用广谱抗生素治疗。本病治疗时所需的疗程较长。 

　　1、目前对四环素、强力霉素、红霉素已有不少菌株产生耐药。新一代合成抗菌药喹诺酮类，不但对衣原体、支原体有效，对淋球菌也高度敏感。

　　(1)氟哌酸200mg,3/d 共用14d。

　　(2)氟嗪酸200mg,2/d共用14d.

　　(3)环丙氟哌酸250mg,2/d，共用14d。

　　2、磺胺、利福平对衣原体有效，对支原体无效。

　　3、庆大霉素、新霉素、多粘菌素对衣原体无效。

　　4、链霉素、壮观霉素对衣原体无效，对支原体有效。

　　5、四环素0.5g，4/d，共用7d，改0.25g,4/d,共用14d。

　　6、强力霉素0.1g,2/d，共用7d。

　　7、红霉素硬脂酸盐0.5g，4/d，共有7d。

　　8、红霉素琥珀酸乙酯0.8g，4/d，共用7d。

　　9、美满霉素0.2g即刻，0.1g，2/d，共用14d。