输尿管结石和肾结石的症状基本相似。结石的大小与梗阻、血尿和疼痛程度不一定成正比。在输尿管中、上段部位的结石嵌顿堵塞或结石在下移过程中，常引起典型的患侧肾绞痛和镜下血尿。

疼痛可向大腿内侧、睾丸或阴唇放射。常伴有恶心、呕吐，有时血尿为肉眼可见。输尿管膀胱壁间段最为狭小，结石容易停留。由于输尿管下段的肌肉和膀胱三角区相连，并且直接附着于后尿道，故常伴发尿频、尿急和尿痛的特有症状。在不影响尿流通过的较大结石，可仅有隐痛，血尿也轻。在孤立肾的输尿管结石阻塞或双侧输尿管阻塞，或一侧输尿管结石阻塞使对侧发生反射性无尿等情况，都可发生急性无尿，甚至肾功能不全。