输尿管结石绝大多数来源于肾脏，包括肾结石或体外震波后结石碎块降落所致。由于尿盐晶体较易随尿液排入膀胱，故原发性输尿管结石极少见。

有输尿管狭窄、憩室、异物等诱发因素时，尿液滞留和感染会促使发生输尿管结石。输尿管结石大多为单个，左右侧发病大致相似，双侧输尿管结石约占2～6%。临床多见于青壮年，20～40岁发病率最高，男与女之比为4.5∶1，结石位于输尿管下段最多，约占50～60%。输尿管结石之上尿流均能引起梗阻和扩张积水，并危及患肾，严重时可使肾功能逐渐丧失。