由于包皮过长和包茎，它使皮脂腺分沁一种奇臭的白色分泌物不能及时排出去，长期积存形成包皮垢。不及时清洗，包皮垢会刺激阴茎头和包皮发炎，反复难治，甚至粘连。因此可引起性交痛，妨碍性生活，有导致阴茎癌发生的可能。婚后也可引起女方生殖道炎症的发生。

某些宗教要求小孩行割礼(包皮切除术)，这类人群中阴茎炎症和癌的发病率极低。由此可见，包皮环切及保持局部清洁是有益于生理健康的手段。

当包皮过长包皮口较紧时，强行上翻末能及时复位，过紧的包皮口就像狭窄的环紧套阴茎头，使包皮水肿、糜烂。这些称为包皮嵌顿。都要求经手术治疗才能恢复正常。